O Goiás, campeão goiano em 2012, terá como adversário o Oratório (AP), campeão amapaense de 2012, formando o Grupo 9 da 1ª Fase. Classificando-se, o Goiás terá como adversário na 2ª Fase da competição quem se classificar do confronto entre Santo André (SP) x Veranópolis (RS).
O Atlético, vice-campeão goiano de 2012, terá como adversário o Cametá (PA), campeão paraense de 2012, formando o Grupo 27 da 1ª Fase. Classificando-se, o Atlético terá como adversário na 2ª Fase da competição quem se classificar do confronto entre Grêmio Barueri (SP) x Cianorte (PR).
O Crac, 3º colocado do Goianão 2012, terá como adversário o Náutico (PE), 4º colocado do Campeonato Pernambucano de 2012 e um dos participantes da competição através do Ranking de clubes da CBF, formando o Grupo 35 da 1ª Fase. Classificando-se, o Crac terá como adversário na 2ª Fase da Copa quem se classificar do confronto entre Betim (MG), ex- Ipatinga x Bangu (RJ).
