Portuguesa e Flamengo foram apenados em última instância, o Pleno, pelo STJD, por unanimidade, que ocorreu em 1ª instância, a 1ª Comissão Disciplinar, nesta, no dia 16/12/13 (segunda-feira), com a perda de 4 pontos cada um, pela inclusão de jogador irregular por ocasião da última Rodada da competição, nos dias 7 e 8 de dezembro.
A Portuguesa na sua partida diante do Grêmio em casa (empate em 0x0) incluiu o meia Heverton, o qual tinha sido suspenso pela 4ª Comissão Disciplinar do STJD na sexta-feira, dia 6 de dezembro, por 2 jogos pela sua expulsão diante do Bahia na ante-penúltima Rodada do Campeonato no dia 24 de novembro, não tendo portanto condição de atuar na partida do dia 8 de dezembro. A perda desses 4 pontos (1 que ganhou no empate diante do Grêmio e mais 3 pela irregularidade cometida, de acordo com o artigo 214 do CBJD, o Código Brasileiro de Justiça Desportiva, o time luso caiu do 11º para o 17º lugar no Campeonato, implicando com o seu rebaixamento para a Série B, ficando beneficiado o Fluminense que havia sido rebaixado como 17º colocado.
O Flamengo no seu jogo contra o Cruzeiro em casa (empate em 1x1) utilizou o lateral-esquerda André Santos, que igualmente tinha sido apenado com duas partidas de suspensão pela 4ª Comissão Disciplinar do STJD igualmente na sexta-feira, dia 6 de dezembro, ficando impedido de atuar no dia 7 de dezembro. O rubro-negro carioca não sabia que o jogador ao ser suspenso em função de expulsão no último jogo de uma outra competição, no caso a Copa do Brasil, tinha que cumprir a suspensão dentro da competição promovida pela CBF em andamento, o Campeonato Brasileiro, e não numa próxima edição da Copa do Brasil que o jogador viesse a participar e muito menos como suspensão automática de uma competição encerrada, a Copa do Brasil, em outra, o Campeonato Brasileiro, como pensaram os dirigentes flamenguistas.
Desde 2010, quando o então Grêmio Prudente foi apenado com a perda de 3 pontos, que um time não perdia pontos no STJD no Brasileiro da Série A.
A nova classificação final do Brasileiro da Série A/2013:
Col. Times PG J V E D GP GC SG
1º Cruzeiro (Campeão/2ª vez) (Clas. p/ a Copa Libertadores/2014) 76 38 23 7 8 77 37 +40
2º Grêmio (Vice-Campeão/3ª vez) (Clas. p/ a Copa Libertadores/2014) 65 38 18 11 9 42 35 +7
3º Atlético (PR) (Clas. p/ a Copa Libertadores/2014) 64 38 18 10 10 65 49 +16
4º Botafogo (Clas. p/ a Copa Libertadores/2014) 61 38 17 10 11 55 41 +14
5º Vitória (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 59 38 16 11 11 59 53 +6
6º Goiás (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 59 38 16 11 11 48 44 +4
7º Santos (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 57 38 15 12 11 51 38 +13
8º Atlético (MG) (Clas. p/ a Copa Libertadores/2014**) 57 38 15 12 11 49 38 +11
9º São Paulo (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 50 38 14 8 16 39 40 -1
10º Corinthians (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 50 38 11 17 10 27 22 +5
11º Coritiba (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 48 38 12 12 14 42 45 -3
12º Bahia (Clas. p/ a Copa Sul-Americana/2014*) 48 38 12 12 14 37 45 -8
13º Internacional 48 38 11 15 12 51 52 -1
14º Criciúma 46 38 13 7 18 49 63 -14
15º Fluminense 46 38 12 10 16 43 47 -4
16º Flamengo (Clas. p/ a Copa Libertadores/2014***) 45 38 12 13 13 43 46 -3
17º Portuguesa (Rebaixada à Série B/2014) 44 38 12 12 14 50 46 +4
18º Vasco (Rebaixado à Série B/2014) 44 38 11 11 16 50 61 -11
19º Ponte Preta (Rebaixada à Série B/2014) 37 38 9 10 19 37 55 -18
20º Náutico (Rebaixado à Série B/2014) 20 38 5 5 28 22 79 -55
* Disputarão a Copa Sul-Americana/2014 desde que não se classifiquem para as Oitavas-de-Final da Copa do Brasil/2014. Quem se classificar para as Oitavas-de-Final da Copa do Brasil/2014 será substituído pelos seguintes times pela ordem: 1- Internacional; 2- Criciúma; 3- Fluminense; 4- Palmeiras; 5- Chapecoense; 6- Figueirense; 7- Portuguesa; 8- Vasco; 9- Ponte Preta; 10- Náutico.
** Classificado como campeão da Copa Libertadores/2013.
*** Classificado como campeão da Copa do Brasil/2013.
380 jogos realizados – 935 gols marcados – média de gols: 2,46 por partida. Principais artilheiros: 1º Ederson (Atlético/PR/2ª vez) 21 gols. 2º Hernane (Flamengo) 17 gols. 3º Dinei (Vitória) 16 gols. 4º Fernandão (Bahia) e Cícero (Santos) 15 gols. 5º William (Ponte Preta) e Gilberto (Portuguesa) 14 gols. 6º Walter (Goiás) 13 gols.
