Na Final da 44ª Copa São Paulo/2013 o Goiás sagrou-se vice-campeão ao ser derrotado pelo Santos (SP) pelo placar de 3x1. O time santista fez 2x0 no 1º tempo com gols de Pedro Castro, de pênalti, aos 35’ e Neílton aos 37 minutos. Na etapa complementar logo aos 3’ Arthur descontou para o Goiás, mas Giva aos 18’ fechou o placar.
A equipe goiana desperdiçou um pênalti aos 8’ do 2º tempo através de Liniker, que chutou para fora, logo após ter marcado o seu gol, perdendo a grande oportunidade do empate quando do início da etapa complementar.
Péricles, que atuou na lateral direita, foi expulso aos 45' do 2º tempo.
É a 1ª vez na história da competição que o Goiás sagra-se vice-campeão, enquanto o Santos (SP) conquista o seu 2º título da Copa, o anterior foi em 1984.
O Goiás realizou 8 jogos com 5 vitórias, 2 empates e 1 derrota, 21 gols pró x 10 gols contra = saldo positivo de 11 gols. Os artilheiros: Erik 8 gols. Paulo 3 gols. Clayton Sales, Mário Sérgio e Arthur 2 gols. Jarlan, Liniker, Rodrigo e Túlio 1 gol.
O atacante Erik foi o artilheiro da Copa juntamente com Diego do Mogi Mirim (SP) e Caio do Audax (SP) com 8 gols cada.