A 2ª edição da Copa do Brasil Sub-20 será realizada de 3 de setembro a 19 de novembro.
A competição terá 32 times em cinco Fases eliminatórias, com partidas de ida e volta. Os clubes participantes são os 20 que integraram o Campeonato Brasileiro da Série A/2012, os 11 primeiros colocados do Brasileiro da Série B/2012 e o Remo (PA), como campeão do Seletivo da Região Norte/2013.
Os jogos da 1ª Fase serão nos dias 3, 4, 9, 10, 11, 17, 18, 24 e 25 de setembro. Nesta etapa, caso o time visitante vença por diferença mínima de 2 gols, não será realizada a partida de volta.
Nas duas primeiras Fases, a ordem de mando de campo é definida pelo ranking de clubes da CBF. A partir da terceira etapa a definição será através de sorteio.
A competição será realizada nos mesmos moldes da Copa do Brasil de profissionais, e as despesas são todas custeadas pela CBF.
Os dois representantes goianos, Atlético e Goiás, na 1ª Fase da Copa do Brasil Sub-20/2013 estão respectivamente nos Grupos 2 e 9.
O adversário do Atlético é o Cruzeiro, com o jogo de ida no Estádio Zico Brandão em Inhumas, onde o Atlético mandará os seus jogos na competição, na quarta-feira, dia 11/09/13, às 15:00 horas. A partida de volta, caso seja necessário, será na quarta-feira, dia 25/09/13, às 20:30 horas, no Estádio Joaquim Henrique Nogueira em Sete Lagoas.
O adversário inicial do Goiás é o Atlético (MG), com a partida de ida no Estádio Hailé Pinheiro em Goiânia, na terça-feira, dia 03/09/13, às 20:30 horas. O jogo de volta, caso seja necessário, será na terça-feira, dia 10/09/13, às 20:30 horas, no Estádio Arena dos Calçados em Nova Serrana.
O classificado de Cruzeiro x Atlético terá como adversário na 2ª Fase, o classificado do confronto entre Corinthians x Criciúma, enquanto o classificado de Atlético (MG) x Goiás, na 2ª Fase, terá como adversário o classificado do confronto entre Fluminense x ABC.
